学者们指出，从90年代末，应对亚洲金融危机启动城镇化进程以来，我国的城镇化取得了巨大的成就。但也存在不少问题。

　　一是城镇化仍然滞后。韩俊、蔡昉指出，我们在算城镇化率的时候，是把离开农村半年以上的农民农村人口都算作城市的人口，事实上这些人相当一部分没有真正的融入城市，他们只是到城市打工。国务院发展研究中心的一个调查显示，全国这些年真正完全从农村迁走、在城市买了房子放弃农村户口的人还不到3%。

　　二是城镇的发展还很粗放。韩俊指出，我们城市工业用地比欧洲高出两到三倍，全世界最大的十个广场，中国就有五六个，一个县级政府建的广场在全世界排到第二位。有人讲要统计全世界最大的五十个广场，大部分在中国。我们在节能、环境保护方面欠账是非常多的。

　　三是过分重视大城市，忽视了小城镇的发展。陈锡文认为，我们很多大城市的发展已经超越它自身资源的承载，如果再不意识到这一点，不去主动调整城市的功能定位，不去主动积极的发展小城镇，形成一个合理的城镇体系，那么，总有一天，我们的发展将会从现在面对外部挑战变成最后出现内生的问题。

　　李兵弟指出，应该反思“市管县”体制。80年代以来，“市管县”为城市发展提供了比较充足的发展空间、资源和动力，促进了大城市经济社会的高速发展，但是也挤压了小城市自主发展的空间。过分强调把城市做大做强，资源都集中到大城市，抑制了小城镇的发展。

　　四是城镇化不够和谐，农民很少分享城镇化的成果。陈锡文认为，目前许多地方讲统筹城乡，实际上仍然是从城市出发，依靠农村的资源，以宅基地换住房，承包地换社保、以租代征等方式占用耕地，把农民转为市民，帮助城市发展。如何在“以工促农，以城代乡”，对农村实行“多予、少取，放活”的方针中把握统筹城乡，是当前迫切需要解决的大问题。

　　韩俊、蔡昉、刘守英、李铁指出，上一轮的城镇化基本上就是利用土地推动的城市化过程，农民被排挤在工业化和城市化进程之外。城市的发展确实为农民工提供了大量的就业机会，但城镇化同样产生了上百万、上千万的失地农民，他们虽然也得到了一些补偿，但份额很小，微不足道，他们的财产权利没有真正得到有效的保护，也没有享受到跟城市居民一样的公共服务。